Początki Wydziału Nauk Pedagogicznych UKSW sięgają roku 1988 i Salezjańskiego Instytutu Wychowania Chrześcijańskiego. Dyskusja nad utworzeniem uczelni przygotowującej kadry wychowawców chrześcijańskich do pracy z dziećmi i młodzieżą rozpoczęła się w salezjańskiej inspektorii warszawskiej w drugiej połowie lat 80-tych XX wieku. Jednym z ważniejszych wydarzeń w tamtym czasie było spotkanie organizacyjne 31 października 1987 r. w domu inspektorialnym w Warszawie przy ul. Kawęczyńskiej 53. Wziął w nim m.in. ks. Zdzisław Weder – inspektor, ks. Zbigniew Malinowski – wikariusz inspektorialny, wykładowcy Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego, Akademii Teologii Katolickiej oraz Wyższej Szkoły Pedagogiki Specjalnej im. Marii Grzegorzewskiej w Warszawie. Zebrani zaproponowali, aby utworzyć Salezjański Instytut Wychowania Chrześcijańskiego (SIWCH) który umożliwiałby ukończenie studiów podyplomowych, z uwzględnieniem metody wychowawczej św. Jana Bosko. Podjęto również temat możliwości utworzenia pięcioletnich studiów magisterskich dla kandydatów po maturze.

W dniu 13 stycznia 1988 r. Przełożony Generalny Towarzystwa Salezjańskiego, ks. Egidio Viganó wyraził zgodę na powołanie Instytutu. Na jej podstawie inspektor, dekretem z dnia 1 października 1988 r., erygował Salezjański Instytut Wychowania Chrześcijańskiego we współpracy z Papieskim Wydziałem Teologicznym Sekcja „Bobolanum”. W dekrecie pisał: „Celem Instytutu jest służba Kościołowi w Polsce poprzez umożliwienie salezjanom, duchowieństwu diecezjalnemu i zakonnemu, osobom zakonnym i świeckim podnoszenia kwalifikacji i robienia specjalizacji z zakresu rozległej dziedziny wychowania przy szerokim uwzględnieniu doświadczeń pedagogii salezjańskiej”. Pierwszym dyrektorem Instytutu mianowano ks. Kazimierza Misiaszka, który pełnił tę funkcję do 1993 r. W latach 1993 – 2003 dyrektorem był ks. dr Jan Niewęgłowski, natomiast od 2003 do 2008 r. ks. dr Stanisław Chrobak. Instytut początkowo prowadził zajęcia tylko dla studentów niestacjonarnych, a od 1990 r. 5-letnie studia magisterskie w systemie stacjonarnym. W 1995 r. Instytut wszedł do Światowej Federacji Uniwersytetów Salezjańskich (Istituzioni Universitarie Salesiane).

W 2002 r. Salezjański Instytut Wychowania Chrześcijańskiego zmienił przynależność z Papieskiego Wydziału Teologicznego na Uniwersytet Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie. W związku z powyższym, inspektor ks. Józef Struś rozwiązał umowę o współpracę z PWT Sekcja „Bobolanum” w Warszawie, a dnia 23 lipca tego samego roku podpisał nową umowę z rektorem UKSW, ks. prof. dr hab. Romanem Bartnickim. Instytut otrzymał nową nazwę: Instytut Pedagogiki im. św. Jana Bosko i wszedł w struktury Wydziału Nauk Humanistycznych. Dziekanem Wydziału był prof. dr hab. Tomasz Chachulski.

W latach 2005-2008 nastąpił duży rozwój Wydziału. Zwiększyła się znacznie liczba nauczycieli akademickich oraz liczba studentów. Spełniając wymogi formalne w 2008 r. władze Uczelni złożyły wniosek w Ministerstwie Nauki i Szkolnictwa Wyższego z prośbą o powołanie nowego wydziału. Ministerstwo dnia 27 marca 2008 r. przychyliło się do prośby Rektora UKSW. Na strukturach Instytutu Pedagogiki im. Św. Jana Bosko powstał Wydział Nauk Pedagogicznych. Decyzją ówczesnych władz rektorskich nową siedzibą Wydziału stał się budynek numer 15, który przeszedł gruntowną rewitalizację.

W grudniu 2011 r., staraniem władz Uczelni i Wydziału, Centralna Komisja do Spraw Stopni i Tytułów przyznała WNP UKSW uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora nauk humanistycznych w dyscyplinie pedagogika. Od kwietnia 2013 r., w związku z ogólną zmianą klasyfikacji obszarów i dziedzin, są to uprawnienia w dziedzinie nauk społecznych. Na uwagę zasługuje rok akademicki 2011/2012. Był to czas kompletowania odpowiedniej dokumentacji i przygotowywania wniosku do Ministerstwa Szkolnictwa Wyższego o zgodę na otwarcie drugiego kierunku studiów pierwszego stopnia, a mianowicie pedagogiki specjalnej. Ministerstwo po zapoznaniu się z wnioskiem, wyraziło zgodę i w 2013 r. utworzono studia pierwszego stopnia na kierunku pedagogika specjalna na WNP oraz zatwierdzono efekty kształcenia i program studiów. Pierwsi absolwenci kierunku pedagogika specjalna ukończyli studia w 2017 r. W roku akademickim 2019/20 powstał trzeci kierunek  – 5-letnie jednolite studia magisterskie z Pedagogiki przedszkolnej i wczesnoszkolnej. W roku 2020/21 na Wydziale Nauk Pedagogicznych, na trzech kierunkach studiuje 670 studentów, a kadrę naukowo-dydaktyczną stanowi 4 profesorów, 12 doktorów habilitowanych, 13 doktorów, 2 magistrów.

HABILITACJE – 25.03.2019 r. uprawnienia do nadawania stopnia doktora habilitowanego nauk społecznych w dyscyplinie pedagogika.